La Riserva è caratterizzata principalmente da una flora di ambiente palustre salino, adattata alle aree periodicamente sommerse dalle acque marine: la Salsola, l’erba Kali, la Salicornia annua, l’Artrocnemo, l’Enula Bacicci, la Statice ed il raro Limoniastro, reintrodotto da pochi anni e perfettamente acclimatato. E’ questo l’habitat delle Steppe salate, prioritario ai sensi della Direttiva 92/43/CEE . Vi sono inoltre estese pinete di Pino d’Aleppo derivate da vecchi imboschimenti ed un ricco piano dominato di arbusti mediterranei che annovera il Mirto comune, Mirto tarantino, il Lentisco, la Fillirea, il Corbezzolo, il Viburno, il Prugnolo, il Biancospino e nelle aree più aperte ed esposte a sud, Rosmarino.
