Il monastero delle Clarisse fu fondato per volontà testamentaria del dottore fisico Raffaele Pesce. La costruzione ebbe inizio nel 1596 contemporaneamente a quella della Chiesa. Nel 1610 entrarono le prime clarisse e tutte e tre provenivano dalla cittadina di Gravina : erano suor Massimilla, la badessa, suor Vincenza la rotera e suor Angela, la maestra delle novizie, che furono subito tantissime. Le tre suore furono accompagnate nel viaggio da tredici gentiluomini di Gravina e da dieci notabili tarantini e, giunte in città, furono ricevute da monsignor Mirto Frangipane nella chiesa di san Rocco.